동업자의 주식 사들여 과점주주 되면 취득세 납부해야

다국적 바이오 기업에서 근무한 경험이 있는 나경영 씨는 지난해 회사 동료들과 건강보조식품 회사를 차렸다. 최근 동업자 중 한 명이 주식을 팔고 은퇴하겠다고 밝혔다. 나씨는 동업자가 보유하고 있던 회사 주식 20%를 추가로 사들였다. 그 후 나씨는 구청으로부터 주식 취득에 대한 취득세 고지서를 받았다.

법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 지분을 보유(친족 등 기타 특수관계에 있는 자 포함)하는 자를 과점주주라고 한다. 비상장법인의 주식 등을 취득함으로써 과점주주가 된 경우엔 그 법인의 부동산 등 취득세 과세 대상 물건에 대해 취득세 납세의무를 진다. 부동산을 직접 취득한 것은 아니지만 과점주주로서 그에 대한 실질적인 지배권을 갖게 되기 때문이다. 

과점주주가 취득세를 납부하는 경우는 다음과 같다. 첫째, 법인 주식의 50%를 넘게 취득해 처음으로 과점주주가 되는 경우다. 이 경우 취득세는 취득세 과세 대상 자산가액에 과점주주 지분율과 간주취득세율 2%를 곱해 산정한다. 다만 처음 법인이 설립됐을 때부터 과점주주가 된 경우에는 납세 의무가 없다. 설립 이후 주식 이전 등을 통해 과점주주가 됐을 때만 취득세를 내는 것이다. 

둘째, 지분율이 직전 5년 이내 최고 비율보다 증가한 경우 증가한 지분율만큼 취득세를 내야 한다. 셋째, 과점주주였으나 주식 매각, 주식의 증·감자 등으로 과점주주에서 제외됐다가 다시 주식을 취득해 과점주주가 된 경우다. 과점주주였던 당시의 지분율보다 증가한 경우에만 늘어난 지분율만큼 취득세를 낸다.

만약 법인이 별장 등 사치성 재산을 보유하고 있다면 간주취득세율의 5배인 10%를 곱해 취득세가 산정된다.